Johannes (Bastian Trost) kommt als Doktorand an das Institut für Virologie der Technischen Universität München. Noch vor dem ersten Arbeitstag bittet ihn eine Mitarbeiterin (Gundi Ellert) des Verfassungsschutzes, einen künftigen Kollegen zu bespitzeln. Farid (Mehdi Nebbou), der verdächtige Mitarbeiter arbeitet am gleichen Forschungsprojekt wie Johannes, jedoch mit einem anderen Ansatz.
Johannes und Farid finden sich von Anfang an sympathisch, stehen als Wissenschaftler aber auch in einer Konkurrenzsituation. Und dann lernen die beiden Beate (Loretta Pflaum) kennen. Johannes findet Gefallen an ihr. Doch sie entscheidet sich für Farid.
Johannes lehnt das Begehren des Verfassungsschutzes anfangs ab. Doch in dem fragilen Gleichgewicht aus Konkurrenz, Freundschaft, Liebe und Eifersucht ändern sich Einstellungen leicht.
Der Film zeigt gesellschaftliche und menschliche Zustände: Angst vor islamistischem Terror, Misstrauen, Verunsicherung. Die Betrachtung solcher Befindlichkeiten strotzt naturgemäß nicht vor Action, auch wenn diese das Verhalten der Akteure beeinflussen. Da braucht man schon ein gewisses cineastisches Engagement, um die eine oder andere Langatmigkeit durchzusitzen.
Der Film „Schläfer“ lebt von den Feinheiten des Zwischenmenschlichen. Gundi Ellert als warmherzige Vertreterin des Verfassungsschutzes überzeugt einen in fünf Minuten davon, dass, was sie von Johannes verlangt, nichts mit üblem Denunziantentum zu tun hat, sondern eine gute Sache ist. Und solange jeder nach bestem Gewissen handelt, passiert auch nichts Böses. Doch sobald sich kleine moralische Unzulänglichkeiten einschleichen, kippt das System.